初学者可从不同的渠道获得共聚焦成像的知识，LSCM附带的操作手册包括一些基本的仪器使用方法。但负责操作仪器的人一般应进行短期的定向培训，对于多用户使的仪器，在独立操作前，管理人员应对其进行短期培训并确保能胜任相应的图像采集工作。初学者尤其要注意相应的操作规程。其他有用的信息来源包括共聚焦显微镜公司的培训课程、徕卡光学显微镜的专题研讨会及出版物等。
徕卡激光共聚焦显微镜在进行图像采集前，先要熟悉仪器的基本操作。对于初学者，建仪使用容易标记的标本进行图像采集，而不使用难以标记或结果不确定的标本。一些好的测试样品如吸收了一种或多种荧光染料的纸或制备好的荧光珠，它们都是较为明亮的，容易进行共聚焦成像的标本。一种尤其有用的标本是不同花粉混合的玻片，在多种不同波长的光线激发时，可产生自发荧光。这种玻片可以买到，如CaeolinaBiological，也可通过采集不同植物的花粉自行制备。往往这些标本都有某些特定的表面结构，并且在激光束的照射下保持良好。对于活体研究相当可靠的测试标本是洋葱表皮或某些水生植物，可自发荧光或用Dioc染色。
徕卡激光共聚焦显微镜在使用前都应进行校正，不同的仪器，其校正方法不同，一般应由负责仪器的管理人员进行，其他人员未经许可，不得尝试进行校正，由仪器公司的技术人员完成。
徕卡激光共聚焦显微镜采集的图像常储存在计算机的硬盘中，而后再进行拷贝。通常在图像采集过程中，应采集尽可能的图像，如果需要删除，可在随后的图像处理过程中删除不满意的图偈。有时开始看似不满意的图像，在日后的进一步复审中可能变得价值，因此，在进行图像删除时，应慎之又慎！要与以前制备标本时各项条件保持一致，再重复制备标本非常困难，有时是不可能的。
备注：徕卡激光共聚焦显微镜的图像采集的部分文章由北京悦昌行科技有限公司编辑整理上传。