徕卡荧光显微镜与徕卡生物显微镜的主要区别在于徕卡荧光显微镜装有两个荧光原件，即起偏振镜和检偏正镜，因此徕卡荧光显微镜的构造比徕卡生物显微镜要复杂一些。荧光显微镜是借着这两只偏振镜的作用而实现对晶体光学特性的分析和检验的目的．
徕卡荧光显微镜在检验晶体时，是把晶体放在起偏振镜和检偏正镜之间的载物台，其起偏振镜置于聚光镜下面，而检偏振镜置于物镜上面，在镜检前，两偏振镜的振动面应互为垂直（正交)，则视场是黑暗的。
当此偏振光通过被检晶体时，即会分成两束振动方向互相垂直的偏振光。由于这两束光的速度不同，通过晶体后就有一定的光程差．然后到达检偏振镜时，由于检偏正镜与起偏振镜的位置是互相正交的，所以检偏振镜只允许方向的振动通过。这样，在X方向，k振动的光线只有x：方向上的振动的光才能通过捡偏振笛。同理，在Y方向上振动的光线只有Ys方向上振动的光才能通过检偏振镜。所以，通过检偏振镜以后即变成只有一定光程差的同方向上摄动曲两束光因此产生了干涉并形成了干涉图象。干涉图象是随下面三个因素而变化：一、晶体的性质；二、晶体的厚度；三、光波的波长。当确定了后两个因素后，就可凭干涉图象的不同来确定晶体的性质，这就是徕卡荧光显微镜的基本原理。
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